Trung tâm có trụ sở chính đặt tại số 72 Lê Duẩn, TP Buôn Ma Thuột với ba phòng chức năng, 12 khoa lâm sàng và cận lâm sàng. Bác sĩ Nguyễn Đình Thiện, Phó Trưởng ban Bảo vệ chăm sóc sức khỏe cán bộ tỉnh được bổ nhiệm giữ chức vụ Giám đốc trung tâm.

Sau khi đi vào hoạt động, Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tỉnh có chức năng tham mưu cho Sở Y tế, UBND tỉnh và tổ chức thực hiện các hoạt động chuyên môn, kỹ thuật, nghiệp vụ về phòng, chống dịch, bệnh truyền nhiễm; bệnh không lây nhiễm; phòng, chống tác động của các yếu tố nguy cơ ảnh hưởng đến sức khỏe; quản lý sức khỏe cộng đồng; khám phát hiện, điều trị dự phòng...

Ngoài việc sáp nhập năm trung tâm trực thuộc thành Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tỉnh, đến nay, Sở Y tế Đắk Lắk cũng đã hoàn thành việc sáp nhập ba đơn vị: Bệnh viện đa khoa huyện, Trung tâm Y tế huyện và Trung tâm dân số - kế hoạch hóa gia đình huyện thành Trung tâm Y tế các huyện, thị xã, thành phố.

Theo Sở Y tế Đắk Lắk, sau khi sáp nhập, các trung tâm đã cơ bản ổn định tổ chức và đi vào hoạt động hiệu quả, vừa thu gọn được đầu mối, giảm các chức danh lãnh đạo, đồng thời tăng cường công tác kiểm soát bệnh tật, khám, chữa bệnh và bảo vệ sức khỏe cho nhân dân.