Theo chân nhiều người dân sinh sống quanh hồ, có thể thấy nhiều vị trí bờ hồ đã lấn ra lòng hồ Ba Bể. Theo người dân nơi đây, có rất nhiều vị trí cách đây khoảng chục năm vẫn là nơi đi thuyền đánh cá thì giờ đã thành bãi bồi. Những người cao tuổi sinh sống ở các thôn, bản ven hồ, như: Pác Ngòi, Bó Lù, Cốc Tộc đều khẳng định, hồ Ba Bể đã hẹp đi rất nhiều. Thậm chí, có những điểm trước đây mênh mang nước thì giờ thành bãi bồi, người dân có thể làm cả nhà trên đó.

Ông Dương Văn Thụ, người dân xã Nam Mẫu cho biết, “phù sa nhiều ở các sông, suối nên bồi lấp nhanh lắm, nhất là ở hồ hai và hồ ba. Nhiều chỗ trước đây là hồ thì giờ bà con có thể làm ruộng, cấy lúa nước được. Có chỗ chắc phải bị bồi lấp ra hồ tới hàng cây số rồi”.

Là người con của vùng đất này, ông Dương Văn Chằn, xã Nam Mẫu cũng bày tỏ sự lo lắng rất lớn. Ông Chằn cho biết: “Mấy năm gần đây lũ to nhiều nên phù sa lớn gây bồi lấp càng mạnh. Như tôi sinh sống gần hồ, quan sát đều thì hằng năm phù sa gây bồi lấp từ 40 đến 50m ra lòng hồ. Cứ thế này thì chả mấy chốc hồ Ba Bể sẽ thành ruộng cấy lúa hết cả mất”.

Theo một nghiên cứu trước đây của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, từ những năm 2000, trung bình mỗi năm lượng phù sa bồi lắng xuống hồ Ba Bể khoảng 400 nghìn m3, điểm bị bồi lắng nhiều nhất là cửa sông Chợ Lèng với khoảng 180 nghìn m3 bùn cát/năm. Ngoài sông Chợ Lèng thì sông Nam Cường và suối Tà Han cũng mang lượng phù sa rất lớn đổ vào hồ Ba Bể. So với những năm 60 của thế kỷ trước, bãi bồi đã lấn xuống lòng hồ khoảng 700 đến 800m.

Theo tính toán của các nhà khoa học, với tốc độ bồi lắng này, nếu không có biện pháp khắc phục, hồ Ba Bể có thể sẽ biến mất trong vòng 70  đến 80 năm nữa.

Chủ tịch UBND xã Nam Mẫu Ngôn Văn Sơn cho biết: “So với những năm trước thì vài năm gần đây, lượng phù sa ở các đầu nguồn sông, suối chảy về hồ gây bồi lấp đã tăng lên rất nhiều. Nếu không có giải pháp nạo vét, bảo vệ kịp thời thì nguy cơ hồ Ba Bể biến mất là không xa”.

Trước thực trạng này, thời gian qua, tỉnh Bắc Kạn đã đưa ra một số giải pháp, như: nạo vét khu vực cửa sông, xây đập ngăn phù sa, trồng thảm thực vật ngăn sạt lở đất phía thượng nguồn các con sông, tăng cường bảo vệ rừng đầu nguồn. Năm 2010, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Bắc Kạn cũng đã xây dựng đề án chống bồi lấp hồ Ba Bể, nhưng đến nay tất cả chỉ nằm trên giấy.

Vì là tỉnh nghèo, thiếu kinh phí, cho nên chưa có một giải pháp căn cơ nào được Bắc Kạn thực hiện. Trong khi đó, hồ Ba Bể là điểm nhấn chủ chốt trong du lịch của tỉnh Bắc Kạn. Hai tỉnh Bắc Kạn và Tuyên Quang cũng đang xây dựng hồ sơ trình UNESCO công nhận di sản thiên nhiên Ba Bể - Na Hang là di sản thế giới. Tuy nhiên, việc không có giải pháp cụ thể khắc phục, nạo vét bồi lấp thì tất cả những mục tiêu trên sẽ đổ bể là điều nhìn thấy trước được.

Theo Chủ tịch UBND huyện Ba Bể Lưu Quốc Trung, UBND huyện mong mỏi, kiến nghị các bộ, ngành Trung ương, UBND tỉnh sớm có nghiên cứu, đánh giá cụ thể, toàn diện để đưa ra giải pháp căn cơ khắc phục triệt để, từ đó bảo vệ và phát huy bền vững giá trị của thắng cảnh cấp quốc gia này.